Primeramente, el material a liofilizar es congelado a temperaturas bajo cero, para mantener de esta manera su estructura molecular. El material congelado se inserta en el liofilizador, en donde hay una presión de vacío, debido a la acción de una bomba de vacío que le permite funcionar correctamente. Esta bomba permite que se sublime el 95% del agua presente en la muestra, y de esta manera, el producto se seca sin necesidad de usar temperaturas superiores a la temperatura ambiente.
El calor contenido en el liofilizador proporciona la energía necesaria al agua para pasar a estado gaseoso, acelerando el proceso. Y el gas que queda suelto, es condensado a bajas temperaturas, regresando nuevamente a estado sólido.